DP・CP1 知識・教養・倫理観 |
DP・CP2 世界情勢の理解 |
DP・CP3 論理的・批判的思考力 |
DP・CP4 問題発見・解決力 |
DP・CP5 挑戦力 |
DP・CP6 コミュニケーション力 |
DP・CP7 リーダーシップ・協働力 |
DP・CP8 省察力 |
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〇 |
〇 |
〇 |
回数 | 授業内容 | 授業時間外学習 (準備学習・復習)の内容 |
時間外学習時間数の目安(分) |
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1 |
バイオインフォマティクスの歴史と全貌 |
宿題としてMolecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA11) ソフトウェアーの使用して下さい。 |
220分 |
2 |
MEGA11ソフトウェアーを利用したDNA塩基配列 (16S rRNA遺伝子) の収集と蓄積(中川) |
予習としてNCBI上の遺伝子情報の見方を学んでおくこと。 |
230分 |
3 |
MEGA11ソフトウェアーを利用した対にしたDNA塩基配列 (16S rRNA遺伝子) のアライメント(中川 |
予習として配布動画を視聴しておくこと。 |
230分 |
4 |
MEGA11ソフトウェアーを利用したシークエンサーから得られた波形データー処理(中川) |
予習として配布動画を視聴しておくこと。 |
230分 |
5 |
MEGA11ソフトウェアーを利用した細菌DNA塩基配列 (16S rRNA遺伝子) の多重配列アライメントと16S rRNA遺伝子情報に基づく細菌の系統樹の作成(中川) |
予習として配布動画を視聴しておくこと。 |
230分 |
6 |
MEGA11ソフトウェアーを利用した公共遺伝子データバンクからの機能遺伝子の収集、DNA塩基配列からアミノ酸配列への翻訳とアミノ酸配列に基づく系統樹の作成(中川) |
予習として配布動画を視聴しておくこと。 |
300分 |
7 |
核酸の相同性検索アルゴリズム(袴田) |
予習として、ペアワイズアライメントを調べておくこと。復習として、小テストの内容をまとめておくこと。 |
220分 |
8 |
タンパク質の相同性検索アルゴリズム(アミノ酸置換行列)(袴田) |
予習として、アミノ酸置換行列を調べておくこと。復習として、小テストの内容をまとめておくこと。 |
220分 |
9 |
タンパク質の相同性検索アルゴリズム(ドットマトリックス法)(袴田) |
予習として、ドットマトリックス法を調べておくこと。復習として、小テストの内容をまとめておくこと。 |
220分 |
10 |
タンパク質の三次元構造に基づく相同性検索と予測三次元構造の構築(袴田) |
予習として、タンパク質の立体構造とその予測方法について調べておくこと。復習として、小テストの内容をまとめておくこと。 |
300分 |
11 |
データベースからのモデル生物等のゲノム情報の抽出(荻原) |
予習としてデータベースサイトを調べておくこと。 |
225分 |
12 |
データベースからのモデル生物等のゲノム情報の抽出(荻原) |
予習としてNCBIデータベースサイトを調べておくこと。 |
225分 |
13 |
抽出したゲノム配列情報の解析(荻原) |
予習としてNCBIデータベースサイトを調べておくこと。 |
225分 |
14 |
BLAST解析による配列情報の確認(荻原) |
予習としてNCBIデータベースサイトを調べておくこと。 |
225分 |
15 |
対象生物ゲノム配列情報からのPCR法による目的遺伝子の獲得(荻原) |
予習として各自用いたゲノム情報を確認し、BLAST検索すること。 |
300分 |
到達目標(再掲) | 成績評価方法 |
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分子系統分類学ソフトウエアMEGA10の実践的使用方法を習得し実施できるようになる。さらに、ライフサイエンスに関する英語及び日本語で記述された様々な情報を検索し、他者の意見を正確に理解し、自分の考えを伝えることができる。
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提出物の内容、レポート
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核酸の相同性検索とタンパク質の相同性検索の原理的違いおよびタンパク質の一次構造および三次元構造の相同性検索方法を習得し実施できるようになる。さらに、ライフサイエンスに関する英語及び日本語で記述された様々な情報を検索し、他者の意見を正確に理解し、自分の考えを伝えることができる。
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講義内の小テストにおいて理解度を測定し、PCを用いた実地試験により検索技術を測定する。
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NCBI、LSDB等のWebサービスの利用方法とその活用方法を習得する。さらに、ライフサイエンスに関する英語及び日本語で記述された様々な情報を検索し、他者の意見を正確に理解し、自分の考えを伝えることができる。
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筆記試験
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開始期間
終了期間
開始時間
終了時間
曜日
場所
備考
Google Classroomを使用して質問を受け付けます。